Fakultät für Informatik
Lehrstuhl für Algorithm Engineering (Ls11)
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Proseminar: Algorithmen der Bioinformatik

Proseminar: Algorithmen der Bioinformatik

Wintersemester 2004/05

Prof. Dr. Petra Mutzel

Vortragsthema Zeit Ort
Protein Sequencing Mi 19.01.2005 15.00 Uhr JvF 20 / Raum 2.54
Gene Expression Analysis Mi 26.01.2005 15.00 Uhr JvF 20 / Raum 2.54
Motif Finding Mi 09.02.2005 15.00 Uhr JvF 20 / Raum 2.54


Diese Veranstaltung ist ein Proseminar für Studierende im Grundstudium.

Inhalt des Seminars

Wir beschäftigen uns in diesem Proseminar mit algorithmischen Fragestellungen zur Bioinformatik. Das verwendete Buch von Jones und Pevzner ist zur Einführung in dieses Gebiet sehr gut geeignet. Es enthält einführende Kapitel zu Algorithmen und zur Molekularbiologie. Die einzelnen Kapitel widmen sich verschiedenen Algorithmenklassen, wie z.B. Branch-and-Bound Algorithmen, Greedy Algorithmen, Dynamische Programmierung, Divide-and-Conquer, Graphenalgorithmen, Pattern Matching, Clustering, Hidden Markov Models, und Randomisierte Algorithmen. Jedes Kapitel enthält ein oder mehrere Anwendungsbeispiele für die jeweilige Algorithmenklasse.

Ablauf des Seminars

Alle Teilnehmer halten einen ca. 45-minütigen Vortrag über ein festgelegtes Thema; im Anschluss folgt eine ca. 15-minütige Diskussion über Thema und Vortrag. Die schriftliche Ausarbeitung umfasst ca. 5-10 Seiten.

Es folgen die zur Auswahl stehenden Proseminar-Themen mit den jeweiligen Kapitelnummern; die umfangreicheren Abschnitte können auch von 2-3 Teilnehmern bearbeitet werden.
Einführung (3.1-3.11)
Restriction Mapping (4.1-4.3)
Motif Finding (4.4-4.10)
Genome Rearrangements (5.1-5.6))
DNA Sequenzenvergleich, Gene Prediction (6.11-6.14)
Sequenzenalignierung (7.1-7.5))
DNA Sequenzierung (8.3-8.7)
Fragment Assembly (8.9)
Protein Sequenzierung (8.10-8.16)
Gene Expression Analysis (10.1-10.4)
Evolutionary Trees (10.5-10.11)

Anmeldung

Die Voranmeldung zur Vorbesprechung sollte bis zum 13. Dezember via Email erfolgen:
<petra.mutzel gif .cs.uni-dortmund.de>
Die Vorbesprechung fand am 15.12.1004 statt.

Ansprechpartner

Bei Fragen zu dieser Veranstaltung, wenden Sie sich bitte an
Carsten Gutwenger <carsten.gutwenger gif .cs.uni-dortmund.de> oder
Karsten Klein <karsten.klein gif .cs.uni-dortmund.de>.

Literatur

Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, Bradford Book, The MIT Press, Cambridge, 2004, siehe auch www.bioalgorithms.info.

<webmaster  ls11.cs.tu-dortmund.de>
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