|
|
|
| Diese Veranstaltung ist ein Seminar für Studierende im Hauptstudium. |
|
ACHTUNG: Die Vorbesprechung und Themenvergabe findet in der zweiten Semesterwoche statt (Freitag, 13.04, SR202 OH14).
|
|
Der regelmässige Vortragstermin ist jeweils Donnerstag, 14:00-16:00, im Seminarraum 202 in OH14.
Bei Bedarf auch Freitag, 10:00-12:00.
|
|
Die moderne Forschung in der Biologie erzeugt in einer Vielzahl von Experimenten eine ungeheure Datenflut. Um die Daten auswerten und richtig interpretieren zu können, benötigt man geeignete Analysemethoden. In der Bioinformatik, die Methoden aus der Informatik auf Probleme der Biologie anwendet, werden verschiedene Ansätze entwickelt, um das hohe Datenaufkommen beherrschen zu können. Ein wichtiger Ansatz hierbei ist die graphische Visualisierung von Informationen, etwa die Darstellung biologischer Netzwerke (z.B. Pathways oder Protein-Protein-Interaktionen) als Diagramm. Ziel ist eine den Fragestellungen und dem Arbeitsablauf eines Biologen angepa�te und dabei möglichst übersichtliche Darstellung.
Für eine automatische Berechung nach diesen Kriterien werden häufig Methoden der kombinatorischen Optimierung angewandt.
In diesem Seminar liegt der Schwerpunkt auf der Betrachtung von Visualisierungsmethoden für Proteinnetzwerke und Pathways. Hierfür werden unter anderem graphische Reprüsentationen sowie Layoutverfahren und dynamische Navigationsmethoden betrachtet.
Die zu den jeweiligen Vorträgen bei der Vergabe angegebene Literatur (üblicherweise 1-2 Paper) deckt ein bestimmtes Thema ab. Für die im Seminar zu haltenden Vorträge soll die Literatur noch durch aktive Recherche der Seminaristen ergänzt werden.
Ziel des Seminars ist es sowohl, sich Grundlagen der Visualisierung anzueignen, als auch die didaktische Aufarbeitung wissenschaftlicher Themenbereiche und eine ansprechende Vortragsgestaltung zu erlernen.
|
|
Zeitraum: Mitte Mai bis Mitte Juni als Blockseminar.
Die Vorbesprechung und Themenvergabe findet in der zweiten Semesterwoche statt (Freitag, 13.04).
|
|
Alle Teilnehmer halten einen ca. 45-minütigen Vortrag über das festgelegte Thema;
im Anschluss folgt eine ca. 15-minütige Diskussion über Thema und Vortrag. Die schriftliche Ausarbeitung umfasst ca. 10 Seiten. Bitte beachtet auch die Hinweise zur Foliengestaltung!
Die Abgabe der Seminar-Ausarbeitungen sollte spätestens 3 Wochen nach dem letzten Vortragstermin erfolgen.
Die erste Besprechung mit eurem Betreuer soll spätestens 3 Wochen vor eurem Termin stattfinden. Zu diesem Zeitpunkt müsst ihr noch nicht alles feinsäuberlich ausgearbeitet haben, aber den Stoff gelesen haben, ein Grobkonzept darlegen können und natürlich ist dies auch eine Möglichkeit Fragen zu stellen und Unklarheiten zu beseitigen.
|
Themenverteilung (24.05.07 bis 28.06.07)
| Datum | Thema | Vortragender | Betreuer | Ausarbeitung
|
|---|
| 24.05. | Arthur M. Lesk. Introduction to Bioinformatics
+ Rainer Merkl und Stephan Waack. Interaktive Bioinformatik: Algorithmen Und Praxis. | Henning Wagner | Wolfgang
|
|---|
| 24.05. | A. L. Barabasi and Z. N. Oltvai. Network Biology: Understanding the Cell's Functional Organization | Jochen Klump | Karsten | PDFDatei
|
|---|
| 31.05. | D. A. Ruths et al. Hypothesis Generation in Signaling Networks | Philipp Büdenbender | Wolfgang | PDFDatei
|
|---|
| 05.07. | Thema und Datum ge�ndert! Z. Hu et al. Towards Zoomable Multidimensional Maps of the Cell | Bianca Selzam | Wolfgang | PDFDatei
|
|---|
| 14.06. | Kitano et al. Using process diagrams for the Graphical Representation of biological Networks | Mathias Schwarzhoff | Karsten | PDFDatei
|
|---|
| 14.06. | W. Li and H. Kurata A Grid Layout Algorithm for Automatic Drawing of Biochemical Networks | André Wiesnewski | Karsten | PDFDatei
|
|---|
| 21.06. | F. Schreiber Visual Comparison of Metabolic Pathways | Andre Flakowski | Wolfgang
|
|---|
| 21.06. | C. Klukas and F. Schreiber Dynamic Exploration and Editing of KEGG Pathway Diagrams | Dennis R�ther | Karsten
| PDFDatei |
|---|
| 28.06. | Y. Byun and K. Han. Visualization of Protein-Protein Interaction Networks Using Force-Directed Layout | Adalbert Gorecki | Wolfgang
|
|---|
| 28.06. | C. Friedrich and F. Schreiber. Visualization and Navigation Methods for Typed Protein-Protein Networks | Di Chang | Karsten
|
|---|
|
|
Siehe oben. Weitere allgemeine Literatur folgt falls relevant.
Für die einzelnen Vorträge empfiehlt es sich natürlich weitere Literaturrecherche zu betreiben.
|
|
|
Bei Fragen zu dieser Veranstaltung wenden Sie sich bitte an:
Karsten Klein, karsten . klein (at) cs . uni-dortmund . de oder
Wolfgang Paul, wolfgang . paul (at) cs . uni-dortmund . de
|
Cytoscape Eine Anwendungsplattform für biologische Fragestellungen
Visual Complexity Sammlung von Darstellungen aus veschiedenen Bereichen
Biocarta Unter anderem Darstellungen für Pathways
Kegg Unter anderem Darstellungen für Pathways
Expasy Expert Protein Analysis System
Biolayout 3D Visualisierung
|
|
Home
ls11.cs.tu-dortmund.de>
